Katarzyna Czubek jest absolwentką klasy fletu prostego prof. Petera Holtslaga w Akademii Muzycznej w Krakowie oraz klasy Jorge Isaaca w Conservatorium van Amsterdam.
Studiowała grę na obojach historycznych w klasie prof. Paolo Grazziego w Conservatorio di Musica F.E.Dall’Abaco w Weronie, aktualnie kontynuuje naukę w klasie prof. Franka de Bruine w Akademii Muzycznej w Bydgoszczy.
Jest pomysłodawcą i organizatorem cyklu koncertów Młoda Muzyka Dawna. Podczas trzech pierwszych edycji cyklu, na scenie wystąpili muzycy z Korei Południowej, Japonii, Czech, Hiszpanii, Portugalii, Niemiec, Holandii oraz Polski.
Jest członkiem zespołu muzyki dawnej Bianco Fiore, z którym koncertowała na wielu znaczących scenach europejskich.
Wykłada na Podyplomowym Studium Muzyki Dawnej w gdańskiej Akademii Muzycznej oraz jest asystentem w Katedrze Muzyki Dawnej Akademii Muzycznej w Krakowie.